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一、现行预算会计的核算内容滞后于财政改革
实行收支分类、政府集中采购、国库集中收付等预算管理的改革改变了预算资金的流转、单位收支的确认，使得预算会计的核算内容发生了改变。首先:实行政府收支分类改革后，要求工资统发存、政府采购、国库集中支付、非税收入管理等一系列财政制度改革中与会计核算、财务管理相关的制度规定会作相应修改，而且，新的收支分类改革实行后，收入分类由原来的类、款、项三级变为分设类、款、项、目四级，支出经济分类体系，更加全面、规范，明细地反映政府各项支出的具体用途，这就要求预算会计在核算内容上加以更加细化，全面反映预算单位的资金运动。其次，实行国库集中收付制度后，改变预算资金的流转，预算单位用于发放工资、购置固定资产、购买材料及服务等所需要的财政资金，不再由财政通过主管部门拨入用款单位，而是由财政部门按照规定程序通过国库直接支付或授权支付给供应商或收款人，单位只见预算指标不见钱。这就出现了一系列新问题:财政总预算会计和单位预算会计应当如何反映这一类业务?各单位集中存放在国库的预算结余资金的所有权和支配权又如何界定?再次:现行预算会计对某些核算内容存在盲区，例如，对预算支出的列报口径根据现行财政总预算会计制度的规定，为“实行限额管理的基本建设支出按用款单位银行支出数列报支出，不实行限额管理的基本建设支出按拨付用款单位的拨款数列报支出;对行政事业单位的非包干性支出和专项支出，平时按财政拨款数列报支出，清理结算收回拨款时，再冲销己列支出，对于收回以前年度己列支的款项，除财政部门另有规定者外，应冲销当年支出;除以上两款以外的其他各项支出均以财政拨款数列报支出。”财政总预算会计以财政拨款数为基础确认财政预算支出，造成财政总预算支出与预算单位实际支出在时间、金额上不相符。实行国库集中收付制度后，财政资金的拨付办法从原来的财政部门将资金划拨给预算单位存款账户支用，改为由财政部门根据不同的支出项目，将资金直接从国库存款账户(或通过支付中心)支付给商品供应者和劳务供应者的财政直接支付方法，以及将用款限额下达到预算单位在银行开立的零余额账户，并由预算单位在零余额账户内使用的财政授权支付方式。预算资金拨付方式的改变，改变了财政支出的列报口径，财政支出的列报口径是财政拨款数还是国库支付数需要进行研究，并在会计制度上作出相应的修改。
二、现行预算会计核算的内容未全面反映政府资金运动
现行预算会计范围过窄，难以全面反映政府资金运动。我国的预算会计体系建立于计划经济时期，当时政府资金管理的核心任务就是预算资金的分配，因此预算会计仅限于与预算资金收支有关的范围，并没有全面反映政府的资金运动及结果。实行国库集中收付制度后，所有的财政资金都要纳入国库集中支付，包括预算外资金。目前，有些地方己将预算外资金统一纳入财政国库集中支付，但财政总预算会计仍只核算预算内资金，不核算预算外资金。基建拨款未纳入预算会计核算。实行部门预算后，预算单位的所有收支己统一纳入综合预算编制，基本建设、事业费和行政经费的会计核算搞两套账，与预算管理口径不符。预算单位的基本建设拨款和自筹基建款如果分别核算，不利于资金的统筹安排。编制两套会计报表，不能完整地反映预算执行和资金使用情况。
三、现行预算会计体系未能实现对财政资金的全程监控
现行预算会计分为财政总预算会计、行政单位会计和事业单位会计，三者使用不同的会计科目来记录不同的财务交易与事项。就行政事业单位来说，行政事业单位会计在分散的基础上记录，也就是只记录本单位发生的财务交易与事项，这些记录既不实时提供给核心的财政管理机构，也无法向这些机构提供及时、全面和可靠的财务报告和预算执行情况报告。另外，行政事业单位会计只是记录支出周期的部分阶段发生的预算与财务事项，因此对支出周期的会计控制也是不完整的。另外，就总预算会计方面来说，它使用不同于单位的科目，由财政部门代表政府整体来记录支出周期的上游阶段拨款阶段发生的预算与财务营运，而对规模更大、更为复杂也更为重要的中下游阶段发生的财务与预算营运事项，则没有任何正式的一记录。因此，作为财政管理核心机构的财政部门只能依赖支出机构和国库业务的银行部门事后提供的报告来了解预算执行情况和财务状况。由于各种原因，这些报告往往滞后，而且既不全面也不可靠因此财政部门无法根据这些数据来对预算执行情况和财务状况进行详细而充分的分析。预算会计体系的这一弱点部分地源于传统分散式国库模式。在分散付款的国库模式下，国库将资金划拨到预算单位在商业银行开设的账户中后，所有付款都通过这些账户办理，但预算资金从预算单位流向供应商或其他预算单位的整个支出过程没有集中性的会计记录，这是导致财政部门的预算执行控制职能与财政监督职能长期弱化、财政部门的角色长期局限于分配资金的直接原因，也就是说现行国库与预算会计系统未能实现对财政资金的全程监控。
四、现行预算会计的科目体系存在一定的局限性
第一、政府收支分类改革后，对预算会计的科目体系存在一定的冲击，首先，有些核算科目的核算要求有所改变，行政事业单位会计中，原按“国家预算收支科目”的“款”级科目进行明细核算的“拨入经费”、“财政补助收入”等科目，改革后按功能分类进行明细核算;原按财政部门统一规定的“目”、“节”级支出科目进行明细核算的“经费支出”等科目，改革后按支出经济分类进行明细核算。其次，对事业会计的科目体系有所变动，如原支出目级科目只能反映预算单位行政事业经费的开支情况，而新的经济分类可以明细反映包括基本建设在内的所有政府支出情况，这就要求在科目体系增设有关基本建设及其明细科目的核算。
第二、国库集中支付、政府采购改革后对预算会计提出了一系列新举措、新要求，引起财政资金流入、流出后发生了新的变化，但是现行按经济性质分类的会计科目体现不出来，例如，实行财政统发工资，专户的会计核算并不能反映资金流向的变化，但实际上财政资金流向已经发生了重大变化。
第三、会计科目本身设置太过简单，存在固有缺陷，一些重要的资产、负债没有得到反映，如高等院校实行后勤社会化，但是原属高校现从各高校剥离的资产还是按照现行事业会计核算，并不提取折旧。
